Som aktiv spillede han i Esbjerg fB, Hannover 96, OB og 1. FC Kaiserslautern, og han fik 44 landskampe, hvor han scorede 3 mål. Siden har han haft trænerposter i en række klubber i Danmark, Tyskland, Norge og Færøerne.
Michael Schjønberg var forsvarsspiller og begyndte som ungdomsspiller i Esbjerg fB og nåede som senior i klubben at spille 103 førsteholdskampe, inden han i 1990 blev solgt til Hannover 96 i Tyskland. Klubben lå dengang i 2. Bundesliga og vandt med Schjønberg som anfører overraskende DFB-Pokalen i 1992. Efter fire år vendte han hjem til Danmark og begyndte at spille for OB. Han blev dog lokket tilbage til Tyskland af 1. FC Kaiserslautern i 1996. Han var med til at spille klubben op fra næstbedste række til Bundesligaen og til året efter at spille nationalmesterskabet hjem. Han spillede i klubben til 2001, hvor han stoppede sin aktive karriere.
Landshold
Schjønberg spillede 44 landskampe og scorede tre mål for det danske landshold. Han var med til at vinde guld ved Confederations Cup 1995 og deltog desuden ved EM i 1996, VM i 1998 og EM i 2000.
Trænerkarriere
Efter indstillingen af den aktive karriere fik han jobbet som ungdomstræner i Kaiserslautern, men i 2004 blev han sammen med Allan Nielsen ny cheftræner for Herfølge Boldklub. I 2005 vendte han dog igen næsen mod Tyskland som assistenttræner i Hannover 96. Da Hannover i 2006 fyrede Peter Neururer blev Schjønberg i en kort overgang cheftræner, men da Dieter Hecking blev ansat som ny cheftræner, blev Schjønberg degraderet til reserveholdstræner, da Hecking medbragte den assistent, han også havde haft i Alemannia Aachen.
Den 4. april 2007 blev Michael Schjønberg ansat på en treårig kontrakt som sportschef i sin gamle klub, 1. FC Kaiserslautern. Han stoppede igen samme år efter uoverensstemmelser med et andet bestyrelsesmedlem, Klaus Toppmöller.
Schjønberg var derefter træner i Slagelse-klubben FC Vestsjælland i perioden 2008-2011.[2] Siden var han i Norge et par år, hvorpå han trænede et par danske klubber, inden han i januar 2022 blev træner for færøske 07 Vestur.[3] Trods succes i klubben valgte han i sommeren 2023 at sige op og vende tilbage til Danmark af familiemæssige årsager.[4] Kort efter hjemkomsten blev han præsenteret som ny cheftræner for AGF's kvindeelitehold.[5]
