Karl-Erik Frandsen (1983). Vang og tægt. Studier over dyrkningssystemer og agrarstrukturer i Danmarks landsbyer 1682-83. Bygd. ISBN 87-87293-25-0.
Karl-Erik Frandsen (1994). Okser på vandring. Produktion og eksport af stude fra Danmark i midten af 1600-tallet. Skippershoved. ISBN 8789224051.
Herregården – Drift og landskab – Menneske, Samfund, Landskab, Bygninger
Amager
Benedicte Fonnesbech-Wulff, Karl-Erik Frandsen (2001). Christian 4. og 30-årskrigen – Danmarks vej fra stormagt til småstat, Gyldendal, CD-ROM. ISBN 87-605-6651-5.
Karl-Erik Frandsen (2004). Kampen mod pesten – Karantænestationen på Saltholm 1709 – 1711. Frydenlund. ISBN 8778871808.
Esben Albrectsen, Karl-Erik Frandsen, Gunner Lind (2006). Dansk udenrigspolitiks historie – Konger og krige – 700-1648. Vol. 1 (2 udgave). ISBN 8702041723.{{cite book}}: CS1-vedligeholdelse: Flere navne: authors list (link)
Karl-Erik Frandsen (2010). The last Plague in the Baltic Region. Museum Tusculanum Press. ISBN 8763507706.
Karl-Erik Frandsen (red.): Atlas over Danmarks administrative inddeling efter 1660. I. Atlasbind (235 sider). II. Tekstbind (304 sider). Dansk Historisk Fællesforening 1984
Karl-Erik Frandsen: "1536-ca. 1720" (i: Claus Bjørn (red): Det danske landbrugs historie, Bind II: 1536-1810; Landbohistorisk Selskab 1988; ISBN 87-7526-074-3)