Bånddiagram

Humant glyoxalase I vist som bånddiagram. En oversigt over de forskellige motiver benyttet i bånddiagrammer er vist i skemaet herunder.

Et bånddiagram (også kendt som Richardson-diagram eller engelsk ribbon diagram) er en 3D-skematisk repræsentation af proteinstruktur og er i dag en af de mest anvendte metoder for proteinafbildning. α-helicer vises som vindede bånd (spiraler) eller som cylindre, β-strenge som flade pile og tråde for turns og tilfældige andre strukturer. Polypeptidkædens retning kan indikeres af en farverampe langs med båndet.[1]

Bånddiagrammer er simple, men anvedelige, når den basale rummelige struktur skal afbilledes. Metoden har med held portrætteret den overordnede organisering af proteinstruktur, der afspejler 3-dimensionelle oplysninger, og giver mulighed for bedre forståelse af et komplekst objekt for strukturelle biologer.

Motiver i bånddiagrammer

Sekundær struktur
α-HelicerCylindriske spiralbånd
β-StrengePile med tykkelse på omkring en fjerdel af deres vidde, der viser retning og twist for fladen fra amino- til carboxyenden
Loops og diverse
Ikke-gentagne loopsRunde reb der er tykkere i forgrunden og tyndere bagmod.
Junctions mellem loops og helicerRunde reb der gradvist flader ud til et tyndt helisk bånd.
Andre motiver
Polypeptidretning,

NH2- og COOH-terminaler

Små pile i én eller begge ender eller ved hjælp af bogstaver. For β-plader er pilens retning nok. I dag angives retningen af polypeptidkæden ofte indikeret af en farverampe.
DisulfidbindingerSammenlænket SS-symbol eller et zigzag, som et lynsymbol
Prostetiske grupper eller inhibitorerMolekylemodeller.
MetalionerKugler.
Skygge og farverSkygge eller farver tilføjer dimensionalitet til diagrammet. Generelt er motiverne i forgrunden mørkest, mens det bliver lysere og mindre kontrast bagtil.

Referencer

  1. ^ "Thomas J. Smith". Arkiveret fra originalen 28. marts 2002. Hentet 12. august 2008.

Medier brugt på denne side

GLO1 Homo sapiens small fast.gif
Forfatter/Opretter: WillowW, Licens: CC BY 3.0
Small, fast version of Image:GLO1_Homo_sapiens.gif.